Méthode & données
Comment nous travaillons avec vos données.
Ce que nous pouvons analyser, comment un projet est cadré et comment vos données sont traitées. Les conditions précises sont fixées par écrit pour chaque projet.
Données traitées
- RNA-seq bulk : comptages bruts, expression normalisée (TPM, CPM) ou FASTQ sur demande
- Métadonnées cliniques ou expérimentales : traitement, critère de réponse, suivi, covariables
- Cohortes publiques : GEO, TCGA et autres bases ouvertes, selon leurs conditions d’usage
- Données single-cell ou spatiales : étudiées au cas par cas
Formats
- Tableaux CSV, TSV ou Excel ; objets R ou Python sur demande
- Une ligne par échantillon, avec un dictionnaire des métadonnées
- Identifiants pseudonymisés uniquement — ni noms, ni dates de naissance, ni identifiants directs
Principes d’analyse
- Un plan d’analyse écrit avant la production des résultats
- Contrôle qualité et prétraitements documentés
- Contrôles de robustesse : rééchantillonnage, covariables, définitions alternatives
- Résultats exploratoires et confirmatoires clairement séparés
- Code reproductible et résultats versionnés conservés pour le projet
Confidentialité
- Un accord de confidentialité peut être signé avant tout échange de données
- Données utilisées uniquement pour le projet convenu, jamais réutilisées sans accord écrit
- Stockage, transfert, suppression ou restitution des données définis dans l’accord de projet
- Propriété des résultats selon les termes du contrat
Ce que nous ne faisons pas
- Nous ne recevons pas de données de patients identifiantes via ce site ni par simple e-mail
- Nous ne fournissons ni diagnostic, ni recommandation de traitement ou de dose
- Nous ne présentons pas des résultats de recherche comme des tests cliniques validés
Premier message : décrivez vos données en termes généraux uniquement. Nous convenons d’un mode de transfert sécurisé avant tout partage.
Parler d’un pilote de ce type
Présentez-nous votre candidat, vos données et votre question. Nous revenons vers vous avec une proposition de cadrage.